[主观题] 【案例题】某医院综合楼采用公开招标的方式招标,招标文件对省内的投标人与省外的投标人提出了不向的要求，也明确了投标保证金的数额，该院委托某咨询单位为该项工程编制标底，2013年10月6日招标公告发出后，共有A、B、C、D、E、F等6家省内的建筑单位参加了投标。招标文件规定2013年10月30日为提交投标文件的截止时间,2013年11月3日举行开标会.其中,E单位在2013年10月30日提交了投标文件，但2013年11月1日才提交投标保证金。开标会由该省建委主持,结果，该所编制的标底高达6200 多万元，而其中的A、B、C、D等4个投标人的投标报价均在5200 万元以下，与标底相差1000万余元,引起了投标人的异议。
这4家投标单位向该省建委投诉，称某咨询单位擅自更改招标文件中的有关规定，多计漏算多项材料价格，并夸大了工程量，使标底高出实际估算近1000万元,为此,该院请求省建委对
原标底进行复核。2014年1月28日，被指定进行标底复核的省建设工程造价总站拿出了复核报告,证明某咨询单位在编制标底的过程中确实存在这4家投标单位所提出的问题，复核标底额与原标底额相差近1000万元。
由于上述问题久拖不决，导致中标书在开标三个月后一直未能发出.为了能早日开工，该院在获得了省建委的同意后，更改了中标金额和工程结算方式，确定某公司为中标单位,
问题:
(1)上述招标投标程序中，有哪些不妥之处?请说明理由。
(2)E单位的投标文件应当如何处理?为什么?

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